L’intero ambito di attività relativo ai servizi di finanziamento per la formazione delle imprese viene gestito con un Sistema di Qualità conforme alla norma ISO 9001: 2008, certificato da SQS, Associazione Svizzera per Sistemi Qualità e Management, aderente a IQNet, la più grande rete internazionale per la certificazione, per il periodo dal 27 luglio 2014 al 26 luglio 2017.

Il funzionamento di Fondimpresa è improntato a modalità flessibili, modulari e il più possibile semplificate di accesso ai finanziamenti: presentazione e gestione dei piani on line tramite il sistema informatico del Fondo, con sportello sempre aperto per i piani aziendali; utilizzo della posta elettronica certificata per richiedere il finanziamento sugli Avvisi; autocertificazione dei requisiti per la concessione dei contributi; attestazione delle spese rendicontate da parte di un revisore dei conti.